Program Studi Pendidikan Fisika FMIPA Universitas Negeri Makassar sebelumnya berdiri sebagai Jurusan Pendidikan Fisika di bawah naungan Fakultas Ilmu Keguruan dan Ilmu Pendidikan Univeristas Hasanuddin. Prodi ini secara resmi berdiri pada tanggal 1 Januari 1965 berdasarkan SK Pendirian dari Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Republik Indonesia, dr. Sjarif Thajeb No. 183 pertanggal 24 Desember 1964.
Pada tahun yang sama, Fakulitas Ilmu Keguruan dan Ilmu Pendidikan kemudian melepaskan diri dari Universitas Hasanuddin dan bergabung dengan Universitas Negeri Yogyakarta cabang Makassar dari tahun 1964 sampai 1965. Tahun berikutnya Jurusan Pendidikan Fisika kemudian dimasukkan ke bagian dari Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan Makassar (IKIP Makassar). Bersamaan dengan Berubahnya IKIP Ujung Pandang menjadi Universitas Negeri Makassar pada tahun 2000, Jurusan Pendidikan Fisika diubah menjadi Jurusan kemudian membentuk Program Studi Pendidikan Fisika
Universitas Hasanuddin
IKIP Yogyakarta cabang Makassar
Intitue Keguruan dan Ilmu Pendidikan
IKIP Ujung Pandang
Universitas Negeri Makassar